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Baden im Jahr 1527. Die Reformation zieht immer weitere Kreise. Die Badener Disputation brachte keine Klärung, die Altgläubigen und die Reformierten liegen sich fortan in den Haaren. Endlin, die Tochter des Stadtschreiber Gehilfen Elias wird in den Strudel dieser Ereignisse hineingezogen. Sie ist kräuterkundig und versucht, mit Tränken und Tinkturen zu helfen, wo die Schulmedizin versagt.
Da wird Endlin angegangen, eine Abtreibung vorzunehmen. Als sie ablehnt, zieht sie sich den Hass der jungen schwangeren Frau und deren Mutter zu. Die junge Frau wird wenig später tot aufgefunden und Endlin gerät in Schwierigkeiten. Sie wird verleumdet und muss fürchten, arretiert und der peinlichen Befragung ausgesetzt zu werden. Im letzten Moment gelingt ihr die Flucht aus der Stadt. Ihre Patentante bringt sie ins Kloster Königsfelden, wo die reformatorischen Bemühungen schon weit fortgeschritten sind. Endlin findet in der jungen adligen Klosterfrau Agnes eine Freundin. Zusammen ertragen sie die wirren Wochen vor der Auflösung des Klosters.
Johannes, ein junger, kluger Mönch im Kloster Wettingen hadert mit seiner Einstellung zum rechten Glauben. Er befasst sich lieber mit der Berechnung der Gestirne als mit der katholischen Liturgie. Der Abt schickt ihn als neugläubiger Prädikant ins zürcherische Dietikon. Dort kommt er nie an.

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